WordPressのテーマは「Simplicity2」を使わせてもらってます。
１．テーマの適用を手動でする
テーマの適用には管理画面からアップロードするのですがFTP情報入力が必要で、サーバ側の設定さわるのもメンドクサイので手動で適用します。
① 好きなテーマをZipなどでダウンロード
② Zipファイルを解凍
③ FTPソフトなどで、「wp-content/themes」にコピペ
以上で一覧に表示されるようになります。
プラグインの場合は、「wp-content/plugins」の下へ。
２．Google Analyticsの適用
Simplicity2公式に分かり易く書かれてます。
３．URLにindex.phpがあってイヤなので簡単に変えたい
Googleで調べると、.htaccess作るとかカスタム構造で変更とかありましたが、
WordPressの「設定」－「パーマリンク設定」で、好きに出来ます。
思いついたら、追記するやも。